龍穴神社は、室生寺の背後に広がる室生山のふもとに鎮座する古社。雨を司る高龗神（たかおかみのかみ）を祭神としており、渓流にある岩窟を龍神の棲む「龍穴」として祭祀したことを起源とする。創建の年代は不詳だが、室生寺が建立される以前からの信仰の中心であり、まさに室生信仰の源流といえる存在である。

拝殿の奥にある本殿。杉林に朱塗りが映える。

現在、この龍穴は吉祥龍穴と呼ばれており、龍穴神社の奥宮として厳重に守られている。吉祥龍穴は社殿からさらに山道を登った奥深くの渓谷にある。清流が流れ落ちる岩壁の下に大きな洞窟が口を開けており、その奥に龍が棲むと語り継がれてきた。静寂の中に響く水音、ひんやりとした空気、そして差し込む光の神々しさに、訪れる者は自然の力に圧倒され、言葉を失う。